Là con trưởng của Hoàng đế Ferdinand II nhà Habsburg và vợ cả là Maria Anna của Bayern. Được chọn làm vua Hungary-Croatia năm 1625, vua Bohemia năm 1627, và kế vị vua cha làm Vua của người La Mã vaò năm 1636, và trở thành Hoàng đế La Mã Thần thánh vào năm 1637.

Sau cái chết của tướng Wallenstein vào năm 1634, trong khi cuộc chiến tranh 30 năm hãy còn tiếp diễn, ông nhậm chức Tổng tư lệnh danh dự của Quân đội Đế quốc La Mã Thần thánh, cuối năm đó ông liên kết với người em họ là Hoàng tử-Hồng y Ferdinand và đánh tan tác quân Thụy Điển trong trận chiến tại Nördlingen.Là một người chủ hoà, năm 1635 ông ký hiệp ước Praha với các quốc gia phe Tin Lành.

Sau khi vua cha qua đời, ông lên làm Hoàng đế La Mã Thần thánh năm 1637. Tân hoàng đế mong muốn ký hiệp ước ngừng bắn với nước Pháp và Thụy Điển, nhưng cuộc chiến vẫn tiếp diễn 11 năm sau đó, kết thúc với Hiệp ước Westfalen (gồm 2 phần cơ bản là Hiệp ước Münster với Pháp, Hiệp ước Osnabrük với Thuỵ Điển), Maximilian von und zu Trauttmansdorff - một nhà ngoại giao thiên tài đã được Ferdinand II phong chức làm bá tước năm 1623 - chính là người đại diện phe Đế quốc trong hai hiệp ước này.

Vào ngày 20 tháng 2 năm 1631, vua Ferdinand III cưới người vợ đầu tiên: Đại Công nương Maria Anna xứ Áo. Bà là con gái út của vua Tây Ban Nha là Felipe III và Margaret xứ Áo. Họ là những anh em họ thứ nhất do mẹ của Maria Anna là em gái của vua cha Ferdinand II của Hoàng đế Ferdinand III. Maria Anna xứ Áo đã sinh cho Hoàng đế 6 người con.